Göta hovrätt ingrep dock och bestämde vid årets slut att helt fria Freischmidt och hustrun (pigans straff lindrades till skarp hudstrykning vid rådstugudörren). Johan Wijndrufs självsvåld och godtycke gällde också hans affärer. Det är lätt att ana påtryckningar bakom flera "gåvor" och förmåner från borgerskapet: 1662 fick han källarfrihet för stadskällaren. Det innebar rätt att sälja 2 700 kannor vin tull- och accisfritt på stadskällaren. Normalt skulle vinsten ha delats av magistraten, men borgmästaren och hans familj fick nu behålla vinsten själva samt ca över stadens gästgiveri. Ar 1672 förnyades dessa förmåner på 20 år. 1666 mottog han som gåva av borgerskapet några fastigheter på evärdlig tid. Alle detta utöver den vid denna tid relative höga borgmästarlönen. I Borås och de kringliggande häraderna ökade samtidigt antalet ekonomiska kontroverser mellan borgmästaren och olika personer. Vid Johan Wijndrufs död den 19 april 1675 visade sig hans affärer vara mycket tilltrasslade. Stora privata skulder kom i dagen och staden ville ha tillbaka källarfriheten från familjen liksom stadsjordarna. De sistnämnda var ju orätt bekomna eftersom de enligt donations brevet 1621 inte fick avyttras. Den likvidation som ingicks 1676 mellan sterbhuset och Borås blev omstridd och kronan ingrep.
Först 1696 blev det klart att Borås tills vidare åter blev herre över sina donerade "landerier" (landerier var ett slags borgarnas större sommarställen runt städerna). 1709 uppgavs Johan Wijndrufs barnbarn leva i djup misär. År 1656 fick staden sin första lönestat fastslagen av landshövdingen. Den tog i huvudsak upp de gamla vanliga tjänsterna och omslöt totale 800 daler silvermynt. Några smärre nyheter kan observeras under Johan Wijndrufs tid: Gevaldigern, ibland kallad stadsskult, fungerade kanske som ett slags polis och hade ansvar för skatteuppbörden. Han övertog den tidigare stadsfogdens uppgifter. Antalet stadstjänare ökade till två samtidigt som antalet rådmän nu normalt blev tolv. Ett uttryck för borgerskapets eget deltagande i förvaltningen är det år 1677 införda ständiga borgerskapets utskott, "de 24 äldste". Det innebar att de tillfälliga utskott i form av större eller mindre grupper förtroendemän som tidigare funnits i bl.a. taxeringssammanhang nu permanentades. "De 24" skulle i fortsättningen bli ett viktigt inslag i stadens styrelse. Redan från början uppkom vissa motsättningar mellan de 24 och magistraten om de förras befogenheter. Men deras viktigaste uppgift blev att, utöver att delta i taxeringen, kontrollera stadens ekonomiska förvaltning och pröva burskapsansökningar.
När det gäller hur rådmän skulle utses tycks självstyret allt mer ha underminerats under Johan Wijndrufs regim. 1674 "blev borgerskapet utvist" när rådmännen skulle välja en ny kollega att ersätta en som just avsatts. Rådhusrätten valde alltså sig själv (s.k. kooptering).
Detta accepterades tydligen av borgarna utan knot. Även rättskipningen kompletterades under denna period genom att en ny domstol för enklare mål, kämnärsrätten, 1667 inrättades vid sidan av rådstugurätten. För de många tvisterna om accisavgifterna för bl.a. slakt och bryggning inrättades 1673 en accisrätt. I denna, som skulle sammanträda en gång i veckan, satt ett mindre antal rådmän eller borgare, tidvis även borgmästaren.