Det medeltida kyrktornet som var församlingens äldsta bevarande ordningsstadga från 1654 började rivas sommaren 1663. Då tog man ner klockorna från tornet och en klockstapel uppfördes av byggmästare Arvid Hane. I denna hängde man upp klockorna i avvaktan på att ett nytt kyrktorn skulle resas intill den nybyggda kyrkan. Att ombyggnadsarbetet radikalt ingrep i den gamla kyrkans struktur framgår bland annat av upplysningen att den grav, som Nils Hufwedsson Dahls far, rådmannen Hufwed Nilsson, död 1690, som har låtit mura koret i Torpa kyrka, revs när kyrkan ”reparerades”. Ägaren ersattes med en gravplats i den nya kyrkans kor.
På 1670-talet ägnade församlingen sina omsorger åt kyrkans inredning. Orgel, altaruppsats och predikstol gjorde man färdigt med avsevärda kostnader. Korets golv lades med tegel år 1677 och altaret murades samma år. En sakristia av trä anordnades året därpå innanför kyrkans murar och år 1675 hade man på sockenstämman beslutat att skaffa sten till kyrktornet men det dröjde innan man kunde påbörja att bygga tornet. På hösten 1679 framfördes klagomål att man inte kunde höra när det ringdes eller klämtades och man ansåg att det var nödvändigt att komma igång med tornbygget. Varje förmögen borgare ålades att låta köra fram 10 lass sten och de ringare 5 lass sten. Var fjärding på landet skulle svara för 12 lass sten. Samma år gav man murmästare Mikael Däber i uppdrag att lägga grunden till tornet som skedde följande år. Av någon anledning synes man inte ha varit nöjd med denna kraft när man på hösten år 1681 började murningen av tornet hade uppdraget anförtrotts år murmästaren Hans Schmidt.
När man hade hunnit så långt och kyrkan alltså stod i det närmaste färdig i sitt nya ståtliga skick härjades kyrkan den 12 december år 1681 av en våldsam brand, som ödelade hela Borås stad i aska. Allt vad man hade åstadkommit förintades helt och hållet. Klockor, tak, inredning och till och med gravstenarna i kyrkan förstördes, enligt vad boråssonen Nils Hufwedsson Dahl berättar i sin beskrining av Borås år 1719.

Med egna kafter och med verksamt stöd från stadsmakternas sida reste sig Borås snart ur askan. Till kyrkans reparation påbjöds kollekter i rikets kyrkor och genom dessa kollekter inkom det 1 700 rdr smt och konungen skänkte personligen 500 rdr smt. Den mest angelägna uppgiften var att lägga tak på kyrkans murar samt att sätta in fönster i de förbrända ställe. Det förstnämnda arbetet påbörjades redan år 1682 av byggmästaren Christopher Brack från Göteborg. I januari 1684 beslöt man att efterskriva den murmästare, Hans Schmidt, vilken omedelbart före branden påbörjat tombygget, för att med honom ackordera angående murarnas iståndsättande. Murverket hade tydligen tagit allvarlig skada av elden. Schmidt tog itu med sitt arbete våren 1684 och en av hans första åtgärder var att uppföra strävpelarna. De försågs med en avtäckning av spån. Följande år koncentrerade man sig på uppförandet av innertaket, vilket gavs formen av valv över mittskepp och sidoskepp. Man hade träffat överenskommelse med Brack om arbetet, men då denne trots detta åtagit sig uppgifter för kronans räkning i Varberg, gav man i stället uppdraget åt stadsbyggmästaren i Borås Hans Johansson Orre.