Läckö började att byggas på 1200-talet intill den då existerande kungsgården, enligt Johannes Messenius 1298. Läckö omnämns första gången år 1294 då biskop Brynolf utfärdar ett brev här. Det var då en borg som Brynolf Algotsson, biskop i Skara lät uppföra, eftersom Läckö då låg mitt i Skara stift. Borgen bestod vid denna tid av en öppen skansbefästning som inneslöt mindre bebyggelse. Denna anläggning blev genom en brand förstörd på 1470-talet. Men kort tid efter ödeläggelsen påbörjade biskop Brynolf Gerlaksson en återuppbyggnad. Kyrkgodsen på Kållandsö fick släppa till med arbetskraft och material. Arbetena på borgen fortsatte under biskop Vincens Henningssons tid vid 1500-talets början. Borgen ansågs vara ett av landets förnämsta fästen när den efter riksdagen i Västerås 1527 drogs in till kronan och lämnades över till Gustav Vasa år 1528. Gustav Vasa lämnade borgen som förläning åt riksrådet Ture Eriksson Bielke. De områden som innefattades av Läckö län vid denna tid var Kållands, Kinne, Skånings, Viste och Åse härader. År 1530-talet förvaltades slottet av Birger Nilsson Grip, och under honom fogden Peder Andersson. År 1532 och 1535 besöktes slottet i perioder av Gustav Vasa. År 1535 skickas fångar hit från Skåne för att förhöras, bland annat Markus Meyer. Vid början av 1540-talet ansågs slottet vara i för- fallande skick. Birger beordrades bygga på borgen och fick hämta obegränsade mängder tegel från Sankt Olofs kloster i Skara. År 1543 erhöll Svante Sture Läckö slott med Skånings, Kinne, Kålland och Åse härader, samt staden Lidköping, som förläning till sin död år 1567. Svante Sture lät ytterligare förstärka slottet från år 1545. Under Nordiska sjuårskriget nämns slottet vara bränt år 1566 av en truppstyrka utskickad av Daniel Rantzau, när den danska armén på sommaren låg i Lidköping. Ödeläggelsen av borgen tycks dock varit begränsad och den räknades åtminstone som försvarsanläggning år 1569. I ett brev från kung Johan III år 1570 till ståthållaren i Västergötland, Knut Posse, beskrivs dock slottet vara i hög grad förfallet. Hogenskild Bielke tilldelas Läckö slott och län år 1571 som friherrskap. Slottet, tillsammans med ladugård, sädesmagasin och en ny badstuga, börjar restaureras från år 1573. Till extra bestyckning insätts sju kopparkanoner som tillhört Charles de Mornay. Trots Hogenskilds vacklande karriär skedde underhåll och byggnadsarbeten under hela perioden 1590-1596. Han vistades ofta på slottet långa tider tillsammans med hustrun Anna Svantesdotter Sture. De fick en son, Nils Bielke, som dog redan vid fyra års ålder och begravdes i den intill liggande sockenkyrkan Senäte. Från Hogenskilds tid finns i slottet en hel del kalkmålningar bevarade. År 1600 miste han friherrskapet för andra gången och fängslades.
Vid år 1600 gavs Läckö slottslän och Dal till hertig Johan av Östergötland, tills det utbyttes mot Stegeborgs län. År 1615 erhöll Jakob De la Gardie Läckö som förläning, hans son Magnus Gabriel De la Gardieägde slottet i mitten av 1600-talet och det var han som såg till att det fick sitt nuvarande utseende, men slottet indrogs till kronan vid reduktionen 1681. Kungsgården var fram till 1719 utarrenderad till privatpersoner medan slottet under samma tid förvaltades av kronans hauptmän eller som de senare kallades, slottsskrivare. Det övergripande ansvaret för kronoegendomen hade Kammarkollegiet och som dess förlängda arm Länsstyrelsen i Mariestad. 1731 blev Läckö kungligt slott, och kungsgården arrenderades också då ut. 1752 förlänades slottet åt Carl Gustaf Tessin, 1810 blev slottet återförläning som nationalbelöning åt Carl Johan Adlercreutz, med namnet Sikajocki, ett namn som aldrig slog igenom men som fanns med i fastighetsbeteckningen fram till 1970 av Lantmäteriverket. Det innehades efter Carl Johan Aldrecreutz' död av hans bro och utarronderades senare bland annat inom ätten Rudenschöld. Det kom dock senare att förvaltas direkt under byggnadsstyrelsen. 1990 övertogs verksamheten vid slottet av Stiftelsen Läcköinstitutet som sedermera ombildades till Stiftelsen Läckö Slott. Sedan 1993 förvaltas Läckö slott av Statens Fastighetsverk.