Första kyrkan i Norra Möckleby, en stenkyrka uppfördes, under 1100-talet med torn i väster, långhus, kor och halvrund absid. Kyrkan var en vägkorskyrka, belägen invid östra urgamla landsvägen och vägen mot väster och sundet. Koret hade egen portal, vilket tyder på hamngille och handel. Västtornet försågs med en senromansk treklöverprydd portal. Torn i öster samt profan ovan våning fullbordade den medeltida kyrkan. Pelare och valvslagning i kyrkorummet gjorde att den blev trång. Man fick bygga läktare och fylla kyrkan med bänkar. Under biskop Stagnelis tid revs allt utom västtornet för att ge plats åt en ny och modern kyrka.

Den nuvarande nyklaccicistiska kyrkan var färdig 1832, med en nytillkommen lanternin på det gamla västtornet. På 1950-talet renoverades kyrkorummet och nytt stengolv lades in. Den medeltida kyrkans grund med gravar och murverk ligger kvar. Kyrkan vid vägen har kvar bindringarna för hästar på utsidan av kyrkogårdsmuren. Två gravhällar från 1600-talets kyrkogolv finns uppställda i det nuvarande vapenhuset.